隨著對無污染環境的需求，對各種空氣污染的采樣和監測的需求更加迫切，空氣微生物的數量和大小分布是評價其危害的兩個*的指標。空氣微生物采樣器可以根據人類肺部的沉積情況收集所有顆粒物，無論其大小、形狀或密度。如何選用空氣微生物采樣器的問題，在一般情況下，主要從空氣微生物采樣器性能、采樣目的和空氣環境類型來考慮。
(1)采樣器性能不同種類空氣微生物采樣器的性能也有較大的差異，采集空氣微生物有一個最佳效率范圍。在一般情況下，空氣微生物采樣器采集小粒子都有很高的效率。但是，表面空氣微生物采樣器(SAS)、孢子采樣器和離心式采樣器，采集小粒子效率卻很低。
室內空氣微生物污染的程度是衡量室內空氣質量好壞的重要參數之一，要求空氣微生物采樣器，必須具有獲得最大的采樣效率，以確保采集到的空氣微生物在統計學上有顯著性和代表性。將空氣微生物收集在半固態的營養培養基上的撞擊式采樣器，采樣濃度一般不應超過105CFU／m³，否則會發生超載現象。同時，要求采樣器的空氣采樣流量要穩定，這樣才能確保采樣性能穩定可靠。如果使用非恒流型采樣器采樣時，必須經常校準空氣采樣流量。
(2)采樣的目的應依據采樣目的來選用空氣微生物采樣器。例如，僅僅要求測定空氣中的細菌總數，還是要求測定各種活的空氣微生物，或者要求測定所有的微生物粒子，或者還需要進一步了解空氣中攜帶微生物的微粒粒度大小的分布狀態。根據上述各種采樣目的，確定選用將空氣微生物收集在液體介質中、固態培養基上或者濾膜上的空氣微生物采樣器。
(3)空氣環境類型測試結果證明，不同的環境空氣類型，在不同位置(有無污染源)、時間、季節和氣候狀態下，待采集的空氣微生物在種類和污染程度上有很大差異。空氣微生物粒度大小不一，差異也很大。細菌在0.5～1.0μm，真菌在3～100μm，許多真菌孢子粒徑在1～5μm，病毒則為0.01～0.1μm。
在室內空氣中帶菌的可吸人粒子數((CFU／m3)可占50％～90％。空氣微生物污染嚴重時，應當考慮不容易或者不會發生超載的采樣器。
